eDNA分析是检测水生生物的可靠工具，即使DNA浓度很低。这使得eDNA在评估物种分布或检测稀有物种（例如，受到威胁、濒危或入侵）方面特别有用，而这些稀有物种可能难以使用传统方法检测。类似地，水生微生物如细菌、病毒、真菌可以通过eDNA分析容易地被检测。